Antanas Bernatonis gimė 1937 m. gruodžio 14 d. Klaipėdoje. Nuo 1940 m. gyveno Plateliuose. Palangoje baigė vidurinę mokyklą. Studijavo Lietuvos veterinarijos akademijoje, įgijo veterinarijos gydytojo specialybę. Trumpai dirbo Plungės rajone. Nuo 1964 m. gyvena Kaišiadoryse. 1968 m. apsigynė daktaro disertaciją. Dirbo Lietuvos veterinarijos mokslinio tyrimo institute Kaišiadoryse. 1978 metais Lietuvos veterinarijos mokslinio tyrimo institute įkūrė folkloro ansamblį, kuris vėliau gavo „Verpetos“ pavadinimą, buvo ilgametis ansamblio vadovas. Nuo 1982 metų dėstė Lietuvos veterinarijos akademijoje, nuo 1983 metų vadovavo folkloro ansambliui „Kupolė“.
A. Bernatonis – Lietuvos tautodailininkų sąjungos narys. Tapyti pradėjęs seniai. Pradžioje dirbo su mažo formato drobėmis, kuriose aliejumi tapė gamtos vaizdus, praeities kultūrinius kraštovaizdžius – senas sodybas, koplytstulpius, kryžius, bažnyčias. Parodose dalyvauja nuo 1975 metų.
Veterinarinės medicinos mokslai, pedagoginis darbas, įkūrimas ir vadovavimas „Verpetos“ ir „Kupolės“ ansambliams nepalikdavo daug laisvo laiko tapybai. Kai kiti darbai buvo padėti į šalį Antanas Bernatonis vėl grįžo prie ankstesnio pomėgio. Sielon įsismelkęs liaudies muzikos skambesys, senoji lietuvių pasaulėjauta neišvengiamai darė įtaką netradicinės raiškos kūrybai – prikelti naujam gyvenimui senas, jau nebenaudojamas sodybų langines. Taip gimė tapybos darbų paroda „Ką pasakoja senosios langinės“. Darbai buvo eksponuojami Vilniuje, Kaune, Kaišiadoryse, Rumšiškėse, įvairiuose Žemaitijos miesteliuose ir kitur.
A. Bernatonis yra parašęs išsamius gyvenimo prisiminimus, kuriuos planuojama išleisti atskira knyga.
Už kultūrinę veiklą pelnė nemažai apdovanojimų: popiežiaus Pranciškaus apaštalinį palaiminimą, Kauno miesto Kultūros ir meno premiją, Kauno m. savivaldybės Santakos garbės 3-čio laipsnio ženklą. 2016 m. jam buvo įteikta Lietuvos Respublikos kultūros ministerijos premija už tradicinės kultūros puoselėjimą ir skleidimą, 2017 m. – Kaišiadorių r. savivaldybės Kultūros premija.
